东林党魁钱谦益以南明重臣身份举城投降时，曾告知清军统帅豫亲王多铎道：“吴地民风柔弱，飞檄可定，毋须再烦兵锋大举。”意思是江南民众不会激烈抵挡清军。

事实也如钱谦益所言，清军占领南京后，派出使者招抚江南各地，南直隶各府县大多纳土投降，各地乡绅还在城墙上大书“顺民”二字，清军由此顺利控制了江南。清廷以为大局已定，下令多铎等回师北京。偏偏在这个时候，摄政王多尔衮下了一道态度强硬的“剃发令”，下令所有汉人必须剃发：“文武军民一律剃发如满族式样，不从者治以军法。”（清豫王多铎占领南京后，特意发布过公告：“剃头一事，本国相治成俗。今大兵所到，剃武不剃文，剃兵不剃民，尔等毋得不遵法度，自行剃之。前有无耻官员先剃求见，本国已经唾骂。特示。”然一月后，事情便起了变化，盖因为汉人降臣孙之獬的一纸奏疏。孙之獬为明天启年间进士，清军入关时，他带头剃发迎降，清人授其礼部侍郎。当时天下未定，清廷允许明朝降臣上朝时仍着明朝衣冠，只是满、汉大臣各站一班。孙之獬入朝时，欲入满班，满人因其为汉人，不受。孙之獬大窘，不得已回归汉班时，汉人恨他主动剃发，过于逢迎求宠，不予接纳。孙之獬恼羞成怒，遂上奏道：“陛下平定中国，万事鼎新，而衣冠束发之制，独存汉旧，此乃陛下从中国，非中国从陛下也。”顺治皇帝当时年仅七岁，朝政大事全裁于摄政王多尔衮之手。早在入关前，满人大学士希福曾以辽、金、元三朝史料警示多尔衮，要防止上层“汉化”，孙之獬这封奏疏，适时挑起了多尔衮的警觉之心，于是下“剃发令”，想先从形式上消除“汉化”的潜在危险。时人均认为孙之獬是“剃发令”的罪魁祸首，“江南百万生灵，尽膏草野，皆之獬一言激之也。原其心，止起于贪慕富贵，一念无耻，遂酿荼毒无穷之祸”。后孙之獬被罢职为民，遣还老家山东淄川，恰好赶上谢迁起义。谢迁攻入淄川城后，愤怒的民众将孙之獬全家百口一并杀死，“皆备极淫惨以毙”。孙之獬本人则被五花大绑，五毒备下，头皮上被戮满细洞，人们争相用猪毛给他重新“植发”，行刑十数日后，才把他的一张臭嘴用大针密密缝起，肢解碎割而死。但没有人同情孙氏之遭遇，就连投降仕清的汉人大臣也幸灾乐祸地道：“嗟呼，小人亦枉作小人尔。当其举家同尽，百口陵夷，恐聚十六州铁铸不成一错也！”）

“剃发令”下达后，处处可见清军兵勇带着剃头匠，挑着担子巡行在城镇乡村，担子上挂着“留头不留发，留发不留头”的粉牌，见人便捉，再强行剃发，留金钱鼠尾辫。

中国以家族宗法为根本，因“身体发肤，受之父母，不敢毁伤，孝之始也”，“衣冠束发”是汉人的外在标志，延续了几千年。剃发令一出，触及了汉人士民的底线，“而中原之民，无不人人思挺螳臂，拒蛙斗”，风起云涌的抗争就此而起，原本已经降服的地区纷起反抗，江南大地顿时陷入血雨腥风之中。

清江阴知县方亨到任后，第一件事便是令书吏书写告示，令百姓剃发。书吏写到“留头不留发，留发不留头”一句时，义愤填膺，将笔扔到地上，道：“就死也罢！”当场辞官离去。消息很快传遍全城，人们群情激愤，均不肯剃头。

方亨大为恐慌，忙派人上报常州府，请求派兵来，“多杀树威”。信使出城时被民众截获，江阴百姓遂自发组织起来，将方亨逮捕，推原任典史阎应元为首，以“大明中兴”为旗号，正式反清。

阎应元入城后，盘点了全城户口人数，挑选年轻力壮的男子组成民兵，分派到四门守城。

清军很快得到消息，统帅多铎根本没有将江阴小城放在眼中，派出三百人马前去镇压，结果三百人被阎应元率领的军民尽数全歼。

多铎大为愤怒，再派明降将刘良佐进攻江阴。刘良佐原为江北四镇之一，曾被弘光皇帝封为广昌伯，清军南下时不战而降。他麾下有数万军队，尽是南明精锐，包围江阴县城后，却是屡攻不利。刘良佐亲自到城下劝降，阎应元掷地有声地道：“有降将军，无降典史！”

多铎见刘良佐久攻江阴不下，又派恭顺王孔有德“率所部兵协攻”，接着又派贝勒博洛和贝勒尼堪领满洲兵携带红衣大炮助攻。阎应元率领军民在极度不利的状况下扼守危城，坚持了八十天后，终被清军红衣大炮轰塌城东北角，城墙崩塌，城池由此而破。阎应元负伤后投湖自杀，被清军及时从水中拖出，因不肯投降遇害。

清军出于报复目的，大肆屠城，两日后才“出榜安民”，此时，江阴城中百姓仅剩“大小五十三人”，将近七万军民死于清军的血腥屠杀中。然在江南各地望风披靡之时，阎应元以微末小吏的身份，凭借江阴百姓的支持，临危不惧，力战强敌近三月之久，实在是南明史上光彩夺目的一页。时人有对联扬江阴百姓的英勇牺牲精神：“八十日戴发效忠，表太祖十七朝人物；六万人同心死义，存大明三百里江山。”

在江阴百姓抗清同时，嘉定也因抗拒剃发而起兵。当地乡绅侯峒曾带领儿子侯玄演、侯玄洁，联合进士黄淳耀及其弟黄渊耀号召民众反清复明，于城上树立白旗，写着“嘉定恢剿义师”。

清吴淞总兵李成栋闻讯率五千精兵来攻。李成栋原是明将高杰部将，后投降清军，其人骁勇善战，部属也多为精锐。而侯峒曾等人率领的只是临时组织起来的农民，人数虽众，却没有作战经验，稍一交锋，便被击溃。李成栋又以红衣大炮轰城，很快就攻破嘉定，侯峒曾等人尽数遇害。

李成栋因亲弟死于攻城之中，野蛮报复，下令屠城。清军“家至户到，小街僻巷，无不穷搜，乱草丛棘，必用长枪乱搅”，连一草一木也不放过。亲历者朱子素有《嘉定屠城略》记录其事：“市民之中，悬梁者，投井者，投河者，血面者，断肢者，被砍未死手足犹动者，骨肉狼藉。”

大屠杀持续了整整一天，有三万多人遇害。之后，这支拖着大辫子的汉人军队，带着抢掠的约三百船财物，志得意满地离开了嘉定。

嘉定的劫难还没有结束。李成栋撤退后，幸存者开始陆续回到城中。诸人见到如此惨状，愈加仇恨清廷，遂在一名名叫朱瑛的义士领导下，重新集结了两千多人，杀死了清廷委派的官吏。新县令浦嶂侥幸逃脱后，奔去向李成栋求助，又引清兵杀回嘉定，见人就杀，再放火焚尸，嘉定又惨遭“二屠”。

二十天后，南明将军吴之番率部攻入嘉定，击溃了城中的清兵。不久，李成栋整军反扑，第三次破城，不仅将吴之番及其部属砍杀殆尽，还顺带屠杀了刚入嘉定避乱的两万民众。嘉定再度血流成河，是为历史上著名的“嘉定三屠”。

尽管江阴、嘉定等地的抗清均以惨败而告终，但这一系列的自发抗清运动多少牵制了清军的进军，从而给南明其他抵抗力量的组建赢得了时间，尽管这也不一定是明朝的转机，但至少人们怀抱了期望。